RAPTOR

Опис

РАПТОР је иновативан софтвер дизајниран за тачно предвиђање структуре протеина. Комбинује напредне алате за анализу у једном интегрисаном софтверском решењу и пружа три различите методе навоја. Јединствени приступ оптимизације целокупног програмирања РАПТОР је најефикаснији за проналажење структурних предложака циљева са ниском секвенцом хомологије и способан је да генерише моделе високог квалитета. Једноставан интерфејс и лако разумљиве вредности Е идеалне су за почетнике и стручњаке. Изнад свега, интуитиван приказ резултата омогућава корисницима да на брзину разумеју резултате. С обзиром на циљну секвенцу протеина, ако постоји хомологни протеин са познатом 3Д структуром, то се може пронаћи помоћу алата за претрагу секвенци попут ПСИ-БЛАСТ, такође обезбеђених у РАПТОР-у. Структура циља се затим гради од познате структуре; међутим, када хомологија секвенце није значајна, тј. мања од 25%, ПСИ-БЛАСТ не може доћи до сигурног поготка. За разлику од ПСИ-БЛАСТ-а, који једноставно претражује секвенце, навоја протеина, препознавање набора користи и хомологију и информације о структури. Скенира протеинску секвенцу са непознатом структуром у односу на базу података познатих структура. Коришћењем функције бодовања и спровођењем анализе компатибилности између тродимензионалних структура и линеарних протеинских секвенци, биће идентификован најбољи структурни образац из којег ће се градити структура секвенце. Као резултат, навоја протеина даје супериорније предвиђање од моделирања хомологије када постоји хомологија маргиналне секвенце.