ZOOM Lite

Опис

ЗООМ Лите је софтвер за мапирање и визуелизацију података следеће генерације. Корисници уносе референтне геноме, а Иллумина/Солека кратко чита датотеке или простор боја АБ СОЛиД чита датотеке у различитим форматима, као што су * .фаста, * .фастк, * _сек.ткт, * .цсфаста итд. ЗООМ даје резултате мапирања ових кратких чита на референтном низу. ЗООМ Лите има брзо и тачно зрно мапирања засновано на ново дизајнираној теорији вишеструког размаза семена. Могу се руковати и једностраним и упареним читањима различитих дужина од 15бп до 240бп. Дозвољен је неограничен број неусклађености и једно уметање/брисање различитих дужина између читаног и његовог циљног региона на референтној секвенци. Резултати јединственог мапирања или најбољи (горњи Н) за свако читање биће пријављени у складу са минималним неподударањима и индексном дужином. Оцене квалитета користе се за побољшање тачности мапирања. Заснован на језгру за мапирање, ЗООМ Лите омогућава корисницима да учитају локалне податке о читању и податке о референтној секвенци, одаберу одговарајуће параметре, обраде податке великог обима паралелно међу највише четири процесора, надгледају извршене задатке, чувају резултате мапирања, прегледавају графиконе резултати мапирања и резултати мапирања резултата у форматима датотека * .БЕД или * .ГФФ за даље анкетирање са информацијама о праћењу УЦСЦ претраживача. Резултати мапирања могу се прегледати у било којој жељеној скали, од графикона дубине читања преко целог хромозома до детаљних поравнања секвенце између очитавања и референтне секвенце. Корисници се лако крећу до региона од интереса једноставним кликом и превлачењем или помицањем. ЗООМ Лите је изведеница софтвера ЗООМ Студио.