FlexS

Опис

ФлекС предвиђа конформацију и оријентацију једног од лиганада у односу на други. У ФлекС-у се претпоставља да је референтни лиганд крут, тако да га треба дати у конформацији која је слична везаном стању. Алгоритам суперпозиције у ФлекС-у захтева само мало ручне интервенције. Ово знање можете интегрисати у прорачуне са ФлекС-ом тако што ћете ручно извршити појединачне кораке. Стога је ФлекС дизајниран за интерактивни рад на паровима лиганда, као и за виртуелни скрининг заснован на лигандима. Две главне примене ФлекС-а су супер позиционирање лиганда (нпр. за ЦоМФА/КСАР) и виртуелни скрининг. Ако имате протеин и мали молекул који се везује за њега (тзв. референтни лиганд), али немате структуру протеина, можете узети референтну структуру као негативан отисак активног места. ФлекС утврђује сличност између теста и референтне структуре тако што их поравнава. У виртуелном скринингу, имате референтни лиганд и скуп једињења и заинтересовани сте за давање приоритета једињењима за експериментално тестирање.